在中国共产党的统战方针指引下，在南宁中心县委的推动下，1938年南宁群众性抗日救亡运动声势浩大，形成一股不可抗拒的历史洪流。这一时期，日本侵略军的飞机也频繁空袭南宁，严重危害人民群众的正常生活。从1938年年底开始，南宁的不少机关、工厂、学校纷纷向桂林、柳州、隆安、田东等地疏散搬迁，一批学生党员参加桂系当局组织的广西第三届学生军离邕，南宁城区内的党员人数迅速下降。1939年春，南宁城内和郊区仅剩下12个中共支部，党员约40人。

1939年8月，南宁多次遭到日军飞机轰炸，损失惨重。图为1939年8月14日被日本飞机炸毁的中山路道救医院（原中山路基督教堂处）    图片来自《南宁百年图录》

随着抗战进入战略相持阶段后，日本侵略者加强对国民党的诱降，国民党顽固派反共和对日妥协倾向明显增长。中共中央南方局从全国抗日战争大局出发，着眼于巩固共产党与国民党地方势力的统战关系和稳定国共合作抗日的局面，特指示国民党统治区要尽量缩小共产党地方组织的目标。据此，1939年7月，八路军桂林办事处（简称“八办”，对内也称中共中央南方局桂林办事处）撤销中共广西省工委，只在桂东北、桂东南、桂西南分别成立桂林、梧州、南宁3个特别支部，指定3个特别支部领导广西各地的共产党组织。是年7月，中共南宁中心县委改为中共南宁特别支部，黄书光任书记，林鹤逸任副书记。南宁特支领导南宁、武鸣、龙州、玉林（后归梧州特支领导）4个行政区的25个县党组织。针对南宁工厂少且规模小、航运和商业相对发达、码头搬运工人和商店店员人数多的特点，南宁特支增设了工运部，派店员出身的中共党员康浪平兼工运部部长，加强对工人的教育和引导。