在抗战时期初期，中共南宁组织根据城市抗日救亡工作的特点和需要，侧重于抓城市工作，侧重于在知识分子和学生中发展党员。党组织指导党员团结进步知识分子和青年学生，通过办刊物、写文章、演剧、演讲、歌咏等形式宣传抗日救亡，宣传中国共产党的抗日民族统一战线政策，同时发起各种的募捐、义卖、义演活动，筹集资金支援前线。在中国共产党的领导和发动下，南宁青年的抗日情绪空前高涨，形成了轰轰烈烈的抗日救亡群众运动。不少知识分子和青年学生在参加抗日救亡活动中加入中共组织。

1938年11月，国民党广西当局组建广西学生军，中共南宁组织按上级指示派遣党员参加。到1939年，南宁的大部分中等以上的学校已陆续转移到外地上课，留在南宁的党员人数逐渐减少，为了适应新形势，中共南宁组织开始把工作重点转到开辟敌后工作上来。1939年11月，在南宁沦陷前夕，中共南宁组织策划并推动南宁民团指挥部组建南宁战时工作团。在15名中共党员带动下，上百名爱国青年参加南宁战工团。党员在其中担任副团长、秘书、干事、队长等职务，并在战工团中建立中共支部。

南宁战工团团歌     图片来自《南宁百年图录》

南宁沦陷后，中共南宁组织的工作重点主要放在领导广西学生军和南宁战工团的基层组织开展敌后工作上。由于中共党员的骨干作用，广西学生军和南宁战工团在前线和敌后都做了大量的抗战工作，对民宣传、战时服务、支援前线等等工作开展得有声有色，在政治上产生巨大的影响，对广西的抗战起到积极的作用，成为进步的抗日救亡团体。1940年10月底，日军退出南宁。其后南宁各学校陆续迁回，加上南宁战工团和广西学生军解散后，不少中共党员和积极分子到南宁的学校复学，或到各机关、团体工作，党在南宁的力量再次得到增强，抗日救亡活动掀起了新的高潮。

从1937年到1942年，南宁先后共有过中共支部41个，共有党员400多人，是南宁地下党历史上拥有党员人数最多的一个时期。

1942年7月9日，国民党广西当局在桂林大肆搜捕共产党。1943年1月15日，广西当局制造“一·一五”事件，在南宁逮捕中共党员51人。没有被捕的党员紧急撤离南宁。桂西南区党的工作重点转到桂西农村和桂越边境。在南宁的中共组织均解体，中断活动，仅有个别党员留在南宁隐蔽。