抗日战争时期，国共两党实现第二次合作，但桂系当局仅与中共上层合作抗日，却不承认我党广西地方组织的合法地位，因此，南宁党组织仍然处于被压制，被打击的境况。

1937年9月和1938年5月，中共南宁市委曾两次遭受破坏，但各支部仍能继续活动。1938年秋，中共广西省工委从南宁迁往桂林，在南宁则建立邕宁中心县委领导南宁及附近各县的党组织，由林鹤逸任书记。1939年7月，中共中央南方局为巩固与桂系的统战关系，决定缩小广西党组织的目标，撤消中共广西省工委，分别成立桂林、南宁、梧州3个特别支部分管广西各地的工作，均由中共中央南方局桂林办事处（设在桂林八路军办事处中）的曹瑛（石磊）单线直接领导。中共南宁特支由黄书光任书记。中共邕宁中心县委撤销。南宁特支领导南宁各支部及桂西南一带党组织的工作。1940年夏以后，广西学生军中的中共组织也归南宁特支领导。随着国民党顽固派加紧制造反共摩擦，中共中央南方局桂林办事处也被迫撤离广西，在撤离之前，决定撤消桂林、南宁、梧州3个特支，1940年底，恢复成立中共广西省工委。

钱  兴        图片来自广西党史网

1941年2月，中共广西省工委书记钱兴到南宁巡视，将南宁特支改为中共桂西南区特委，由彭维之任书记。特委驻南宁，继续直接领导南宁各支部及桂西南地区的党组织。1941年底，中共桂西南区特委重建中共南宁市委，指定何日先为书记。由于广西的政治环境逐渐恶化，1942年2月，中共广西省工委撤消实行委员制的桂西南区特委，设特派员负责桂西南区党的工作，中共桂西南区正、副特派员黄书光、覃桂荣2人均驻南宁，直接领导南宁各党支部，南宁市委仅领导个别支部的工作。